Chora Folegandros
Dit dorpje is de voornaamste reden waarom veel mensen dit eiland bezoeken. Dit komt vanwege zijn fantastische ligging op bijna 300 meter hoogte, pal boven een steile afgrond die vrijwel recht in zee loopt. De typisch Cycladische bouwstijl verbindt de kalkwitte huisjes en smalle straatjes met de indrukwekkende rotspartijen. Het kasteel van Folegandros bevindt zich in het centrum van het dorp en is omgeven met typische witte huisjes met kleine ramen, die het kasteel beschutten. Het dorp heeft daarnaast vele kerken met mooie en idyllische pleintjes, waarbij u vanaf bijna elke plaats een adembenemend uitzicht over de Egeïsche zee heeft. Het is dan ook niet voor niks dat volgens CNN dit een van de zeven mooiste dorpjes van Europa is. Dit dorpje staat niet alleen letterlijk, maar ook qua schoonheid op grote hoogte. Chora bevindt zich op 4km afstand van de haven in het dorpje Karavostasis.
Karavostasis
Dit dorpje heeft een klein haventje met wat visrestaurants, een enkel hotel en wat pensions. Er zijn twee kleine maar onbeschutte strandjes , waar men in het kraakheldere water kan zwemmen richting de rotseilandjes vlakbij de haveningang.
Ano Mera
Ano Mera is het derde dorpje van het eiland en ligt 5km ten noordwesten van Chora. Een must see is het volkenkundig museum in dit dorpje.
Agali
Dit is een kleine nederzetting met het mooiste zandstrand van het eiland. Het ligt op 20 minuten lopen van de weg van Chora naar Ano Mera.
Chrysospilia
Niet echt een dorp, maar wel een belangrijke plaats op het kleine eilandje. Dit is namelijk de plaats waar zich de prachtige druipsteengrot bevindt met zowel stalactieten als stalagmieten. Het is enkel bereikbaar met een boot vanuit Karavostasis