Het belangrijkste klooster van Patmos is natuurlijk het klooster van Johannes de Heilige Evangelist, dat gebouwd is ter ere van diezelfde Johannes, in opdracht van de Heilige Christodoulos († 1093). Het klooster is gebouwd nabij de grot van de Apocalyps. Het klooster is met zijn indrukwekkende vestingmuren een waar fort van God. De vestingmuren, werden overigens pas later opgetrokken.
Van buitenaf gezien is het eerder ontzagwekkend dan mooi en het kreeg zijn huidige afmetingen toen de wateren rond Ikaria en Patmos vergeven waren van de piraten. De dikke, sombere muren waren niet alleen bedoeld om zeerovers te weerstaan, maar diende ook als verdediging tegen de legioenen van Satan. De kronkelende klim naar het klooster boven op de berg was lang en alleen per ezel of te voet bereikbaar, maar tegenwoordig is er een weg die auto's, taxi's en bussen tot bijna aan de poort van het klooster brengen. Elk half uur vertrekken er bussen uit de havenstad Skala, richting het klooster. Er is een onopvallende toegang tot het voorste binnenhof, die bestaat uit een harmonieus samenspel van zeer uiteenlopende bouwstijlen. Als voltooiingdatum is 1698 aangegeven.
De grot van de Apocalyps is nu deel van een kleiner kloostercomplex, dat zich vlak onder de top van de berg bevindt waar Chorá gelegen is. Ook dit klooster draagt de naam Johannieten klooster. De grot is nog steeds in een vrij authentieke staat te bezichtigen, wat bijzonder is. De bezienswaardigheden in deze grot zijn onder meer: de natuurlijke lessenaar die gebruikt werd om de beroemde tekst op te schrijven, de nis waarin de evangelist Johannes zijn hoofd legde bij het slapen, het uitzicht vanuit de grot op de zee die Johannes de Evangelist vaak aanhaalt in zijn openbaringen. Verder is er een scheur in het plafond te zien, die volgens de overleveringen, ontstaan is tijdens een zeer heftig visioen, waaruit de stem van God tot Johannes zou zijn gekomen. Het is een van de belangrijkste kloosters van de Grieks-orthodoxe kerk, maar ook een belangrijk klooster voor alle christenen ter wereld. Het spreekt voor zich dat het klooster, de kloosterkerk en de grot van de apostel Johannes de Theologos op de wereld erfgoedlijst van Unesco staan.
Het klooster van de 'verkondiging van de blije boodschap' is een bezoek meer dan waard, net zoals de kluis van Elias en Kasteli, ook wel bekend als de kleine Akropolis.